Une étudiante en biologie que vous venez de rencontrer vous demande de l'aide pour un problème de bioinformatique. Grâce aux progrès des techniques de séquençage automatiques de l'ADN, il est maintenant facile d'obtenir l'ADN d'un être vivant. L'ADN est composé de quatre types de bases : Adénine, Cytosine, Guanine et Thymine. Pour manipuler ces séquences ADN, les biologistes ont pris l'habitude de les représenter sous la forme d'une (longue) suite de caractères représentants les 4 bases qui forment l'ADN. A titre d'exemple, voici un extrait de séquence ADN provenant de la base de données GenBank:
LOCUS SCU49845 5028 bp DNA PLN 21-JUN-1999
DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds, and Axl2p
(AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete cds.
...
ORIGIN
1 gatcctccat atacaacggt atctccacct caggtttaga tctcaacaac ggaaccattg
61 ccgacatgag acagttaggt atcgtcgaga gttacaagct Aaaacgagca gtagtcagct
121 ctgcatctga agccgctgaa gttctactaa gggtggataa catcatccgt gcaagaccaa
181 gaaccgccaa tagacaacat atgtaacata tttaggatat acctcgaaaa taataaaccg
241 ccacactgtc attattataa ttagaaacag aacgcaaaaa ttatccacta tataattcaa
301 agacgcgaaa aaaaaagaac aacgcgtcat agaacttttg gcaattcgcg tcacaaataa
...
4861 ttctccactt cactgtcgag ttgctcgttt ttagcggaca aagatttaat ctcgttttct
4921 ttttcagtgt tagattgctc taattctttg agctgttctc tcagctcctc atatttttct
4981 tgccatgact cagattctaa ttttaagcta ttcaatttct ctttgatc
Une séquence d'ADN d'un gène peut être très longue. A titre d'exemple, on estime que l'ADN humain contient de l'ordre de 3 × 109 bases découpées en environ 20.000 gènes. L'ADN d'une bactérie contient de l'ordre de 4 millions de bases. Les biologistes ont séquencé l'ADN d'un grand nombre d'espèces qu'ils stockent dans des bases de données spécialisées comme GenBank. Le traitement de toutes ces données a mené à la création de la bio-informatique, discipline qui rassemble des biologistes et des informaticiens.
Afin d'aider cette étudiante en biologie, vous allez écrire durant cette mission vos premiers algorithmes de bio-informatique.
A l'issue de ce problème, chacun d'entre vous :
La matière relative à cette mission est décrite dans les sections suivantes du syllabus :
Il est cependant important que vous puissiez facilement vous y retrouver dans la documentation de Python pour y trouver les renseignements dont vous avez besoin pour écrire des programmes efficaces. Pour des fonctions qui peuvent être exécutées sur des chaînes de caractères, regardez ici.
Les questions à choix multiples de cette mission sont également accessibles en ligne depuis https://inginious.info.ucl.ac.be/course/LSINF1101-PYTHON/Session4_QCM
Dans le programme ci-dessous, quelle ligne faut-il écrire pour afficher la longueur de la chaîne de caractères s ?
s = "Informatique1"
Dans le programme ci-dessous, quelle ligne faut-il écrire pour afficher la chaîne en majuscules ?
s = "Informatique1" .
Etant donnée une chaîne de caractères stockée dans un variable l, par exemple, l = "louvain-la-neuve" ou l = "braine-le-compte", comment feriez-vous pour :
La fonction max_index(lst) doit retourner l'index de l'élément avec la plus grande valeur dans une liste. La valeur None doit être retournée quand la liste est vide. Définissez cette fonction.